凡例 共十四條
一、哲學名詞，大約與史文事實相反。惟孔子空言垂教，俟聖知天，全屬思想，並無成事，乃克副此名詞。如中外諸學人，木已成舟，皆不洽此名義，故書名《孔經哲學》 注 ，示非史法。且思想變遷，無有極盡，以凡夫而談聖神，固自絶於擬議也。
二、舊哲史於孔前臚列帝王周公，今全以歸入經學。六藝爲舊，六經爲新，孔前舊史爲駢音書，《莊子》所謂「舊法世傳之史」，《史記》所謂「百家語」、「百家言」。六書文字，固專爲孔氏古文也。故孔前從畧，則以孔之俟後，固「先天而天弗違」者也。
三、舊哲史於孔後臚列歷朝學人，下及性理、考據。其弊與《改制篇》孔子創教、諸子亦創教同。諸子及帝王卿相，師法經術，其善者不過得聖人之一體，在孔子爲思想，在後儒爲事實，此孔後不當再言哲學。故孔後從畧，則以孔之法古，固「後天而奉天時」者也。
四、古史皆駢音，方言各地不同，與古文乖異。孔氏古文新經，惟鄒魯之士乃能言之。宿儒以六經爲史，《列》、《莊》已極攻之。凡賈、馬、許、鄭及三《通》各書，直以孔爲書傭檔吏，凡言舊史，皆不足爲學。 如龔定菴、章實齋之流，以經爲古史，最謬。
五、北宋以後，人天顛倒。以禪悦責之童蒙，致爲人才大患。「子路問事鬼神」章，即所以 注 防宋人流弊。今以性道定静歸入天學，《大學》從修齊入手，方有餘力研究國家天下事理。一切玄妙空談，俟諸異日。
六、陰陽五行，古爲專家，皇帝之佐，辨方正位之符號耳。自專家不傳，流入藝術，瞽説俚言，致累聖籍。今恢復專家，以明帝學，一切俗説，屏而弗講。泰西學制，統以六藝統之，歸入孔前，倫禮立坊，爲撥亂反正之成法。
七、《論語》：性與天道，不可得聞。天道爲星辰學，性爲五土種學，皇帝大同之法，王伯以下，可以不言。後儒言性言心，專就一身百般穿鑿。棘端刺猴，徒勞無益，錢穀刑名，乃爲實用。玩物喪志，正可借觀。
八、通經致用，必始《春秋》。武帝多才，出於《公羊》；宣帝良吏，出於《穀梁》。雖有别家，《春秋》爲盛。當今實用，一經已足，由遠自邇，縱治他門，亦必由此經過。美錦學織，即在讀書，博學兼通，以俟英俊，專門效用，不在多途。
九、天堂世界，衆生皆佛，不假修持，自然而得。未至其時，所有飛昇、辟穀、坐化、神遊，皆屬應化，亦所謂天道不變耳。萬部金丹，徒勞妄想，清净無象，於世何益？俗儒每以自了爲聖賢，須知户户道學，家家禪寂，天下正自彌亂耳。
十、儒爲九流 注 之一，孟子又爲八儒之一，「良知」二字，又孟子學説百中之一。宋以後儒者重知輕行，議論多，成功少，致爲世詬病。以良知較孔學，誠如太倉之一粟。知與能並重，今取知棄能，是一粟已不全矣。而世以孟概孔，豈不痛哉！故言孔學，須分天人，分大小，就其中擇術專精，得成才器足矣。沙門無人敢學佛，秀才皆自命爲真孔，蓋由直以村學究爲孔。《莊子》曰：「大而無當。」似此恒河沙數之孔子，所以釀滅國滅種之劫運也。 孔子弟子三千人，比喻千八百諸侯及附庸也；七十二賢者，比於七十二侯。三千皆通六藝，七十二則通六經。
十一、《周禮》十二教，大抵以十二州分六千里，自立一歷，則别成一教。内九宫爲八正，又别爲八教，共爲二十教。故《王制》曰：「不變其俗，不易其宜。」此皇帝大同，化諸不同以爲同之法也。孔子未生以前，以祆、回爲教；既生以後，則由六藝以推六經。今黑道尚爲冰海，必天行移、地球長，赤黑二道寒暑同黄道，全球統一，乃爲太平。地球今日所無之人物儀器，又不知變象何如。《尚書》、《周禮》，今日所不能解者，大抵皆數千萬年後婦孺所共知，亦如地球四游升降之説也。
十二、日本搜羅吾國舊學，凡咸、同以來，大約詳備，所著哲史，可謂集成。然依附舊聞，未闢新境，較之唐宋，一區之貉。今故直追周秦，以達尊孔宗旨。所列諸條，皆有專書發明，撮其大綱，言歸簡要。若欲博通，則固非此册所能盡也。
十三、吾國非讖緯之學極發達，不能有真經學；非諸子之學極光明，不能有真人才。考據空理，久錮聰明，齊東野語，尤爲狂肆，若徒莊言，必遭按劍。故託之恢詭，自比荒唐，離而復合，其亦牛鼎之義乎？
十四、至聖天仙化人，非世界所能囿，更何論乎吾國學問公理？故人我俱忘，昔撰《祆教折中》桷判迹象，未極高深。 其稿存成都青年會。 彼邦哲士，好學深思，遠過吾黨，研求真理，派演傳疑，絶不閉拒堅固，予聖自封。惜未能譯爲西文，求證大哲。如有好事，彼此溝通，華嶽雲開，美富畢顯，交易互退，敢不馨香祝之！癸丑聖誕前十日，廖平撰於申江孔寓。
注 孔經哲學：原作「孔經哲理」，據原校改。
注 以：原脱，據原校補。
注 九流：原脱，據原校補。
廖平著。此书是廖平经学第四变的代表著作。分尊孔总论,拨乱观,贵本观,流演观,小大观,天人观,宇宙观几大部分。前有谢无量所作的序。书中明确提出尊孔尊经的治经宗旨,认为孔子改制包括天人两大方面,即孔经中的人学与天学。人学有二,一是治中国的小统说,以《春秋》为经,《王制》为传,适用方三千里的小九州;一是治全球的大统说,以《尚书》为经,以《周礼》为传,适用方三万里的大九州。小统亦称王伯,又称小康,是孔子为世界开通前中国所立之法;大统亦称皇帝,又称大同,是孔子为全球交通后所立之法。人学讲六合以内,天学讲六合以外,是孔子为整个天体所立之法,以《诗》、《易》为经。