佛说药师三时密咒
加持安息香真言
拙具罗香今奉献，密蒭依教诵真言。
非烟非火亦非空，自然证入圆通理。
唵(引)。摩利支吽。萨哩嚩。尾近喃拏。蹉那野。娑婆诃。 (止)
大明神咒经
加持咒灯油真言
清光妙湛真奇绝，美味馨香嗜所希。
治庖继咎两相从，密语加持愿成就。
唵(引)。唧哩目。娑诃。唵(引[合*牛])。 (止)
大悲咒
南无喝罗怛那(至)娑诃。
加持咒水真言
真空性水长流住，遍入人间自在流。
我今奉献举诸芳，清净本然周法界。
唵(引)。摩利支。吽吒。娑嚩诃。
唵(引)。伽伽那健。闍娑卢吉帝。娑婆诃。
南无喝罗怛那。多罗夜耶。南无阿迦含。揭娑耶。善提萨埵耶。摩诃萨埵耶。摩诃迦卢尼迦耶。多侄他。毗摩哩。摩诃毗摩哩。郁摩哩。摩诃郁摩哩。休摩哩。摩诃休摩哩。娑婆哩。只哩地。娑婆诃。
诵诸部因缘
闻经佛子罪消灭
加持直字梵语心经陀罗尼
鉢罗娘。婆罗密多。逆怜那耶。苏怛那。阿利耶。嚩噜抧帝。湿缚罗母。帝萨埵。没严鼻蓝。鉢罗娘。波罗密多。左焰左焰。嚩汝夜。嚩噜伽耶底。萨摩畔左。思蹇陀。萨埵写。娑婆鉢嚩。戊涅陀。设帝喃。娑嚩易合。舍利卜怛罗。雪噜畔。戊涅戊涅陀。雪鲁畔。鲁畔。那彼那。戍涅多。戍涅那耶。那彼那。雪噜畔。噜畔。嚩汝耶。戍涅多耶。戊涅多耶。娑噜畔。易缚微郁。吠那讷。娑伽娘。萨萨娑伽娘。尾伽娘。伊贺。舍利卜怛罗。娑罗嚩。达磨。戍涅多。洛叉拏。阿耨多畔左。阿甯耶鲁他。阿摩罗。阿尾耶。摩诃阿娄那。波离布罗拏。多娑嚩。舍利卜怛罗。戍涅多耶。戍涅多耶。雪噜畔。讷吠那。娑伽娘。娑婆伽娘。尾伽娘。南研楚怛罗。迦拏即贺。娑伽耶。摩诃枲。雪噜畔。扇荅研荅罗。娑婆罗。瑟吒尾。誐达磨。南研初大都。夜嚩那。嚩汝尾伽娘。大都那微涅。那微涅。那微涅叉欲。那微涅叉欲。夜嚩那左耶。嚩罗左耶。那左罗。嚩罗那叉欲。雪鲁伽。三没陀耶。宁鲁陀。嚩失宁娘。尾伽娘。叭罗尾帝。那曼三摩耶。娑没那。波罗尾帝。萨埵喃。鉢罗娘。波罗密多。嚩室怜誐。尾贺罗耶。只多嚩罗拏。只多嚩罗拏。南悉婆达磨。叭罗速都。微波哩娑羝。迦赖那宁。瑟吒宁。哩麽罗。的怜达磨。夜缚昔底多。萨埵没陀。叭罗娘。波罗密多。缚室怜也。拏怛览。三藐三菩陀。摩彼三没多。嚩室怜娘。微演叭罗娘。波罗密多。摩诃曼怛罗。摩诃尾欲曼怛罗。阿耨多罗曼怛罗。阿娑摩娑鼻。曼怛罗。素没奴伽。波罗舍摩那。娑底耶。摩舍赞。演达磨。
叭罗娘。波罗密多。暮忌都。曼怛罗。摩诃尾欲曼怛罗。雪帝雪帝。波罗雪帝。波罗僧雪帝。菩提娑婆诃。
原凭咒力普清凉 歌赞
[跍*月]跪诵三宝咒 (三遍)
南无佛陀耶。俱鲁吠。南无达磨耶。陀耶弥。南无鲁伽耶。摩诃底。帝哩毗药。毗舍佐。迦麽罗。穆迦麽罗。路佐喃。迦麽罗。萨那佉麽罗。贺萨多。迦麽罗。贺萨陀。伽麽罗。婆敏。迦麽罗。三波嚩。萨迦罗。摩罗乞叉欲。南无窣都帝。 (三遍)
加持赞叹三宝灭罪真言
法界真如无量义，一心三宝自圆融。
如来法藏圣贤僧，总愿皈依无退转。
南无那婆那婆。羝那吽。三藐三佛陀。俱知那吽。
南无那婆那婆。羝那吽。达磨。俱知那吽。
南无那婆那婆。羝那吽。僧伽。俱知那吽。
哆侄他。唵。摩哩毗摩哩。胒摩哩摩哩。萨婆娑婆。伽生羯。娑婆诃。
开坛门部陀罗尼
加持净三业真言
业垢本来无自性，还因妄想起根尘。
但存一念妄不生，业性了然无可碍。
唵。娑嚩婆嚩。秫陀萨嚩。达磨。娑嚩婆嚩。秫度含。
三业六根悉清净
加持焚香真言
戒定慧香并解脱，不生知见造菩提。
香云馥郁满虚空，供养圣贤皆普遍。
唵(引)。跋者罗。度必恶。 (止)
香烟童子大菩萨
加持洒净真言
性水真空周沙界，净幢王刹宝明空。
更凭佛力作加持，遍洒坛场悉清净。
南无三满多。没陀喃。阿婆罗帝。三昧伽耶。三昧三满多。奴揭帝。波罗吃哩帝。微秫帝。达磨陀都。尾秫达你。娑婆诃。 (止)
坛场内外悉清净
加持净坛真言
八万尘劳盈五浊，凡夫境界悉昏蒙。
庄严法席洁香坛，愿仗加持无垢恶。
唵(引)。罗儒祖。婆耶多。萨罗嚩。达磨。 (止)
雪山童子大菩萨
加持结界真言
境界六尘多秽恶，邪魔障碍恼众生。
我今结界诵真言，内外严持凭咒力。
唵。(户)商迦羯利。摩诃三昧耶。盘陀盘陀。娑婆诃。 (止)
尊胜幢菩萨
加持散花真言
已净香坛无垢浊，结成地界悉严持。
我今敷演妙伽陀，散众宝花陈供养。
唵(引)。阿末伽。阿拏舍蹉耶。鉢头摩。曼摩度梨。吽。 (止)
宝昙花菩萨
加持行道真言
法界如如原不动，万缘起灭一真源。
我今三遶诵真言，愿得如来不动智。
唵(引)。那舍你舍。弥畔陀喃。八蹉罗鸟。吽。 (止)
加持诸佛请座真言 (至)一切如来欢喜真言
秘密难思功德力，我今依教诵真言。
真言心中俱扬时，遍请圣贤临法会。
唵(引)。嚩罗那。鉢头迷。虎吽。
佛念众生如赤子，尽令修进证菩提。
此时遥见启香坛，莫不熙怡咸吉庆。
唵(引)。三昧耶吽。苏罗多。萨怛鍐。 (止)
加持召请一切如来云集真言
诸佛十方常遍满，定中处处利群生。
愿临此会放毫光，普使有情蒙利益。
唵(引)。把不[乏-之+巾]臈。三麽闍惹。 (止)
佛说如来大威真言
稽首东方满月国，微妙正觉药师尊。三祗果满不思议，万德功圆无等伦。
六度愿门因地发，百千相好果中圆。慈悲海门应难量，功德山高赞不尽。
南无三满哆。没陀喃。唵。佩杀紫呬。虞鲁吠。噜你也鉢罗。波罗惹耶。怛多阿誐多。伊呬伊呬。娑婆诃。 (止)
普供养真言
香花灯涂珍果等，供养药师众圣贤。
惟希纳受鉴丹诚，满我檀那广大愿。
唵(引)。誐誐喃。三婆嚩。嚩日罗斛。 (止)
第一时密咒
加持警觉出定真言至五供养
无漏位中无漏定，定中现智证金身。
我今礼请圣贤临，真净界中从定起。
唵(引)。鉢头摩。波奢陀。阿慕伽波。葛那散。注那耶吽。
唵(引)。把[乏-之+巾]臈。帝叉吽。
香供养
以此真言力，薰成五分香。
圆就妙庄严，故将香供养。
唵(引)。娑嚩怛。多誐多。布佐布佐。
花供养
法雨周沙界，心花欲发明。
物我体皆同，以此为供养。
唵(引)。娑嚩。怛他誐多。你波。布佐布佐。
灯供养
心灯光灿烂，妙智破重昏。
尘垢应全消，本光瑞如此。
唵(引)。娑嚩怛他誐多。你波。布佐布佐。
涂供养
阿迦真如海，妙智破重昏。
利济诸有情，同归真法性。
唵(引)。娑嚩怛他誐多。献陀。布佐布佐。
果供养
离垢菩提果，圆成出盖缠。
含辉发妙光，高称无上道。
唵(引)。娑嚩怛多誐他。波罗。布佐铭伽。
日曜真言
南无三满多。没驮喃。唵。素哩喻尾。孕孽。罗贺野。伊兮伊兮。娑婆诃。
月曜真言
南无三满多。没驮喃。唵。赞怛罗。秫陀罗野。伊呬伊呬。娑婆诃。
文殊师利菩萨真言
南无三满多。没驮喃。唵。曼祖室利。伊呬伊呬。娑婆诃。
观音菩萨真言
南无三满多。没驮喃。唵。计伊湿罗。伊呬伊呬。娑婆诃。
大势至菩萨真言
南无三满多。没驮喃。唵。摩诃萨驮。麽鉢罗波多耶。伊呬伊呬。娑婆诃。
无尽亿菩萨真言
南无三满多。没驮喃。唵。阿叉耶末。拏野。伊呬伊呬。娑嚩诃。
宝昙花菩萨真言
南无三满多。没驮喃。唵。罗怛曩。曼拏罗。补瑟波。伊呬伊呬。莎诃。
药王菩萨真言
南无三满多。没驮喃。唵。佩[唏-布+木]紫。侐罗惹耶。伊呬伊呬。莎诃。
药上菩萨真言
南无三满多。没驮喃。唵。佩[唏-布+木]紫。侐切声。鸟怛罗野。伊呬伊呬。娑婆诃。
弥勒菩萨真言
南无三满多。没驮喃。唵。弥怛罗野。伊呬伊呬。娑婆诃。
救脱菩萨真言
南无三满多。没驮喃。唵。鉢罗野。陀罗那。伊呬伊呬。娑婆诃。
解冤结菩萨真言
南无三满多。没驮喃。阿嚩嬾。拏各叉耶。伊呬伊呬。萨婆诃。
加持一切法平等真言
了观诸法无高下，诸佛众生本一如。
今宣秘密惊凡流，早悟如来修证地。
南无三满多。没驮喃。唵。娑婆达磨。三麽多。波罗波多。怛多誐多。娑婆诃。 (止)
一时密终
第二时密咒
加持奉事诸佛真言(至)五供养
过去如来不可数，未来现在亦无边。
殷勤奉侍睹慈颜，将此身心奉尘刹。
唵(引)。把[乏-之+巾]臈伽。
普供养
栴檀优鉢并油烛，瑜伽香水及果珍。
我今依教作加持，供养无边诸圣众。
南无三满多。没驮喃。唵。达磨陀睹。拏誐帝。娑婆诃。
香供养
南无三满多。没驮喃。唵。摩诃昧履也。庾怛誐帝。娑婆诃。
花供养
南无三满多。没驮喃。唵。怛他誐多。利百萨普罗。宁嚩娑。补枲伽。佉柔陀哩耶。娑婆诃。
灯供养
南无三满多。没驮喃。唵。尾秫陀。杜纳婆缚。娑婆诃。
涂供养
南无三满多。没驮喃。唵。巨罗弥秫帝。波罗嗟罗吽。娑婆诃。
果供养
南无三满多。没驮喃。唵。誐。唵。誐誐喃。三婆三婆。 (止)
加持福慧圆满真言
开示众生真实相，八大菩萨益随机。
常为五浊岸边凡，济度有情增福慧。
南无三满多。没陀喃览。
唵(引)。鉢头迷。震多末尼。入嚩罗吽。
唵(引)。摩尼拔。蹉哩虎吽。
唵(引)。摩尼达哩。虎吽泮吒。
唵(引)。底瑟吒。摩尼折折罗。鉢头摩。
唵(引)。娑嚩怛多誐他。阿哩波布罗拏。
唵(引)。娑嚩怛多誐他。震多末尼。突嚩禳。讫哩瓢。
唵(引)。娑嚩怛他誐多。拔折罗。突禳吉利怛罗。 (止)
加持普礼忏悔真言
人间祈愿人人别，菩萨随机说密言。
我今一一为宣扬，所冀愿心俱满足。
唵(引)。娑嚩婆嚩。枲普吒。那贺喃。缚罗缚罗。
唵(引)。阿末伽。萨怛罗。蹉陀耶。使废吽。
满一切
唵(引)。嚩罗喻。誓娑缚诃。 (止)
第三时密咒
加持如来启白真言(至)普供养真言
檀那此夜修殊善，惟愿圆慈为丹诚。
凡言亵渎恐招殃，凭此密言伸启告。
唵(引)。鉢头摩。步慈。摩诃播奢。陀罗尼。曼怛罗耶弥。阿末伽。嚩罗耶。步鲁步嚩。萨嚩。亩鲁亩鲁。吽。
法身岂假四种食，我今供养表诚心。
愿将香花及灯涂，滋供菩提常乐果。
唵(引)。誐誐喃。三婆嚩。嚩日罗斛。 (止)
十二神王真言
南无三满多。没驮喃。唵。你曼怛罗。佩杀紫呬。卢鲁没驮。曼拏罗。洛叉佉罗。达哩麽罗佉。伽毗药。伊呬伊呬。娑婆诃。
梵王真言
南无三满多。没陀喃。唵。鉢罗惹。波多耶。娑婆诃。
帝释真言
南无三满多。没驮喃。唵。设伽罗野波。莎嚩诃。
加持解冤结真言
贪爱无明心迷妄，坎纵瞋痴起恶因。
千生万劫解冤仇，佛勅真言解冤结。
唵(引)。那贺那贺。娑嚩那瑟吒。鉢罗纳瑟吒。怛罗那耶。娑婆诃。
五无间狱三恶业，修罗饿鬼及傍生。
若闻密语妙伽陀，一切罪根皆消灭。
唵(引)。阿末佉。吠卢遮那。摩诃曼怛罗。摩尼鉢罗摩。作伽罗。鉢缚罗多耶。吽泮吒。 (止)
(加持奉送圣贤真言（至）还本宫真言)
暂向华坛伸礼别，长於佛国愿参成。
梵音难测我今宣，後有虔祈希应念。
唵(引)。阿末伽。鉢波头麽。瑟尼沙。嚲罗嚲罗。阿嚩多罗。睹嚩伽泮。誐波沙。嚩波缚喃。睹罗睹罗。摩诃鉢头摩。步臡。
一夕精专陈法供，三时告召已周圆。
下凡不敢久扳留，诵念鬼神获安慰。
唵(引)。嚩日罗。目叉目。
唵。娑嚩薜荔多。誐车誐车。娑婆诃。
加持散金刚界真言
召请圣贤严福地，坛前结界示精诚。
法筵欲界事将终，念诵真言开界畔。
唵(引)。商迦迦哩。摩诃三昧耶。盘陀盘陀。文闍文闍。娑嚩诃。 (止)
佛说药师灌顶章句密咒三时教诫终
〔录文完〕
〔附〕放生仪文
盖闻禀元气而生，孰分物我？资陶甄而孕，盖有浊清。而含灵受质之有殊，乃恶死贪生之则一。是故成汤治化，设开笼释网之文；梁武施仁，注戒杀放生之典。弋不射宿，是孔圣之存心；钓用直鈎，乃太公之怀德。
盖为人民徂诈，世态能浮。东震献禽，简子见机於上客；祖庭具饮，田文感放陬生。学屠龙射虎之能，效缴凤穿鳞之艺。所以巢居绝迹，穴处无踪。麒麟隐遁於海隅，凤凰翱翔於天末。乃是人心巧诈，恐罹网捕之机关。是以禽鱼虽逃於险阻。
△学佛知见，依法奉行，特捐清净之财，将赎林源之命。胎、卵、湿、化，谓之四生；鳞、甲、羽、毛，名为四种。莫不乐资茂育，跳踯效同。尽承天地之委和，异属阴阳之造化。附其冀者失其足，与其角者离其牙。纵恣翻飞，任情驰骋。一饮一啄，知全身远害之心；自飞自游，有恶死贪生之念。孰谓禽鱼无识？亦能乐聚悲离。有子母之情，慈鸟反哺；若兄弟之义，鸿雁成行。群禽集於凤凰，君臣义重；双燕语於梁上，夫妇恩深。鲋鱼祈水於庄周，江使求生於宋伯。莫不贪游贪食，岂知身堕於楚囚？戏走戏飞，不意体逄於网罟。任悲鸣於苦甚，故处於潜藏；徒宛转於千遭，实难逃於陷穽。
但△诚不忍於觳觫，意故远於庖厨。庶冀出水者任游泳於江河，栖山者恣翱集於林埜。故我世尊昔行菩萨道时，以水济十千之鱼，以药治一切之病。得名流水，是号医王。又为诸鱼提唱宝胜王如来，并称三乘四谛十二行法轮。
诸佛子，四谛法者，说是苦苦，是苦集，是苦灭，是苦灭道。十二因缘法者，所谓无明缘行，行缘识，识缘名色，名色缘六入，六入缘触，触缘受，受缘爱，爱缘取，取缘有，有缘生，生缘老死忧悲苦恼。无明灭则行灭，行灭则识灭，识灭则名色灭，名色灭则六入灭，六入灭则触灭，触灭则受灭，受灭则爱灭，爱灭则取灭，取灭则有灭，有灭则生灭，生灭则老死忧悲苦恼灭。诸佛子，三乘、四谛、十二因缘，愿诸佛子一历耳根，各各皆得三明六通，具八解脱，如意自在，作如是果，受如是因，证十千天子之身，获八万珍珠之报。又虑汝等自从旷劫至於今日，得到法筵，夙业愆重，未能解释。我佛如来有普忏灭罪真言，各敛毛骨，听吾宣说：
唵。娑缚披播。悉普吒。曩贺曩。嚩日罗耶。娑诃。
真言宣念，罪业触除。
皈依三宝
一心奉请本师释迦牟尼文佛为汝作坛中和尚
一心奉请龙种上尊王佛为汝作羯磨阿闍梨
一心奉请诸尊诸大菩萨为汝作证同学沙门
△为汝作说戒闍梨
次当皈依三宝
皈依佛
皈依法
皈依僧
皈依佛 两足尊
皈依法 离欲尊
皈依僧 众中尊
皈依佛、法、僧竟
诸佛子，等真等正觉是汝等大师，应当作礼。作礼已竟，谛观能灭百千万劫生死之罪，誓不皈依邪魔外道。慈愍故，悲愍故，大慈悲愍故。
诸佛子，兹者因祸成福，舍邪归正，三礼至尊，一心信敬。我今更为汝等持诵三宝普忏罪真言，即说咒曰：
南无佛陀。达磨。僧伽。曩谟窣都帝。
诸佛子既闻密语，罪咎消除。犹虑汝等历劫已来不能净身口意，是故沈沦。今有净三业真言，一心谛听，当为宣说：
唵。娑婆嚩秫度。萨哩嚩。达哩麽。娑婆嚩。秫度憾。
诸佛子，苦、集、灭、道是声闻乘，无明、老死是缘觉乘，戒、定、慧是最上乘。三乘妙法，一心受持。
我今更为汝等称扬七佛如来名号，汝当谛听：
南无宝胜王如来、广博身如来、多宝如来、妙色身如来、阿弥陀如来、甘露王如来、离怖畏如来
上来所说戒相，悉已周完。知从前所作之非，悟尔後渐修之理。翱翔云路，更无缯缴之忧；游泳海门，长获波涛之乐。若脱鳞毛之报，免滞轮回；早闻佛法之缘，速亲正觉。冥司报德，慎勿辜恩。祯祥须荐於珍环，显顺特来於日月。释迦出世，同为听法之人；弥勒下生，齐受菩提之记。上穷有顶，傍及无边，俱沭良因，尽成正觉。
放生仪终
《佛说消灾延寿药师灌顶章句仪》，略称《药师科》、《药师科范》。六卷。宋代以後中国僧人着述。明代以来云南阿吒力僧常用科仪。